Die zweite Gärung erfolgt in Flaschen. Sie findet nach der Assemblage zwischen März und Mai statt und dauert ungefähr drei Wochen.
Nachdem dem Hinzufügen von Rohr- oder Rübenzucker und etwas Hefe, Liqueur de tirage genannt, werden die Flaschen meist mit einem Kronkorken verschlossen, der innen eine Plastikkapsel (Bidule) trägt. Diese fängt den Bodensatz auf, der sich nach längerer Lagerung in der Flasche bildet. Die Hefe wandelt den Zucker in Alkohol um und es entsteht Kohlensäure, die für den Champagner übliche feine Perlage.
Nach abgeschlossener Gärung auf der Hefe kann der Champagner viele Jahre gelagert werden. Er hat nun sein besonderes Aroma durch den enzymatischen Zersetzungsprozess (Autolyse) der Hefe erhalten. Nun sind mindestens 15 Monate Reifezeit vorgeschrieben sur lattes („auf Latten“) für jahrgangslose und drei Jahre für Jahrgangs-Champagner. Qualitätsbewusste Häuser geben ihre Champagner meist wesentlich später frei.